益生菌有非常强大的分解和转化物质的能力，中药大分子成分通过益生菌发酵分解为小分子成分，更有利于人体吸收，同时也降低了中药大分子成分对人体的副作用。如果中药材中含有微量的重金属和农药残留，益生菌也会将其作为基质利用掉。

益生菌在中药发酵的过程中会产生丰富的新次生代谢物，这些次生代谢物为新的活性物质。

中药酵素中含有低聚糖—益生元，可以促进人体胃肠道益生菌的生长，调节菌群平衡。

中药的口感以苦为主，难以接受，矫味很难，做成中药酵素后，酸味比起苦味更容易接受，也好矫味。